La red de recolección pluvial es la infraestructura que permite captar y conducir las aguas provenientes de las lluvias, para ser desalojadas y descargadas en sitios destinados para ello. Esta red está compuesta de colectores pluviales, drenes a cielo abierto,(en donde está incluido el Río Querétaro), y bordos. Los colectores pluviales captan el agua de una zona determinada y la conducen a los drenes para ser desalojada. Los bordos son obras en las cuales se capta y regula el agua de escurrimientos, mediante un sistema controlado que se conduce por los drenes para su desalojo.
La Comisión Estatal de Aguas se encarga, en conjunto con el municipio, del mantenimiento de los 84 kms. de drenes a cielo abierto y los 12 bordos de control de avenidas existentes en la zona metropolitana de Querétaro. En el interior del Estado, la construcción de estas obras y su mantenimiento son realizados por los municipios.
A principios del año 2003 la CEA junto con el Municipio de Querétaro, La Secretaría de Desarrollo Urbano y Obras Públicas y la Comisión Nacional del Agua, firmaron un convenio de colaboración para el desarrollo del Plan Maestro Pluvial, estudio que fue encargado a la Comisión Federal de Electricidad y que se encuentra en su fase final.
Este estudio llamado "Plan Maestro Pluvial para la ciudad de Querétaro y su zona conurbada" tiene por objeto, entre otras metas, diseñar un modelo hidrológico que permita calcular las avenidas resultantes de lluvias, que permita determinar el comportamiento de la infraestructura hidráulica de la ciudad, que permita cuantificar las obras necesarias para evitar inundaciones, en zonas de la ciudad con infraestructura hidráulica insuficiente o deteriorada.
